Le Parc participe aux prospections menées dans le cadre du groupe loup-lynx de l’ONCFS qui regroupe des correspondants ayant suivi une formation (agents de l’ONF, bénévoles, chasseurs). De 2017 à 2019, le suivi par pièges photographiques mené par le Parc et les membres du réseau a permis de mettre en évidence la présence simultanée de 6 individus différents sur le versant ouest du massif, dont 2 proviennent du Jura.

Emblème des montagnes européennes, cette espèce a régressé au cours du XXème siècle. Considérée comme Vulnérable à l'échelle mondiale, Quasi-menacée en Europe et actuellement, en Préoccupation mineure en France, il n’en demeure pas moins que nombre de populations de l'Apollon déclinent.

Afin de protéger la population de tétras-lyre, le Parc naturel régional de Chartreuse anime un programme de conservation réunissant de nombreux acteurs du territoire (forestiers, chasseurs agriculteurs, acteurs du tourisme, randonneurs, stations de ski, associations de protections de la nature). Il s'agit de mobiliser les connaissances des acteurs locaux sur l'espèce, développer des suivis, mettre en place des mesures conservatoires et de sensibiliser à la protection du tétras-lyre avec l'appui de tous les acteurs concernés.

Afin de suivre l’évolution de la biodiversité sur le territoire de la Réserve naturelle des Hauts de Chartreuse, le Parc naturel régional de Chartreuse, gestionnaire du site depuis 2001, suit depuis plusieurs années les populations de chauve souris dans certaines grottes.